《Shuffle!Memories》神族、魔族、人类，三个不同的种族和世界，有一天通过一扇“门”联结了起来，从此三个种族生活在了一起，当然，在学校也不例外土见稟，一个普通的男生，自幼双亲在一场事故中丧生，于是只能寄住在青梅竹马的芙蓉枫的家中。枫对稟一直有很深的感情，两人保持着平常的生活，直到有一天，神族的神王和魔族的魔王双双来到人间，并带来了他们两个可爱的女儿——西亚和奈莉奈。而稟居然要从她们两个中选择一个作为未婚妻！于是，一段复杂的恋爱故事就此开始……